Разница между экзомом и транскриптомом

В главное отличие между экзомом и транскриптомом заключается в том, что экзом - это полная последовательность всех экзонов в генах, кодирующих белок, в геноме, тогда как транскриптом - это совокупность молекул матричной РНК, полученных из генов, кодирующих белок. Кроме того, экзом покрывает 1-2% общей последовательности генома, в то время как транскриптом составляет менее 4% общей РНК клетки.

Экзом и транскриптом - это два набора последовательностей генов, кодирующих белок в геноме. Оба имеют различное применение в геномных исследованиях, а также в диагностике заболеваний.

Ключевые области покрыты

1. Что такое экзом - Определение, факты, методы 2. Что такое транскриптом - Определение, факты, методы 3. Каковы сходства между экзомом и транскриптомом? - Обзор общих черт 4. В чем разница между экзомом и транскриптомом - Сравнение основных различий

Ключевые термины

Экзон, экзом, мРНК, гены, кодирующие белок, транскриптом

Что такое экзом

Экзом - это совокупность экзонов в генах, кодирующих белок, в геноме определенного организма. Кодирующая последовательность генома сгруппирована в гены, которые могут кодироваться либо для белков, либо для РНК. В прокариотическом геноме кодирующая последовательность не прерывается другими последовательностями, тогда как в эукариотическом геноме кодирующая последовательность гена прерывается некодирующими последовательностями, называемыми интронами. Следовательно, сгруппированные кодирующие последовательности называются экзонами.

Рисунок 1: Экзоны и интроны

В генах, кодирующих белок, РНК-полимераза транскрибирует интроны, а также экзоны в мРНК-предшественницу во время транскрипции. Включенные интроны удаляются во время следующих посттранскрипционных модификаций. Основная технология, используемая при исследовании экзома, - это секвенирование всего экзома (WES). WES участвует в гибридизации фрагментированной ДНК определенного генома с целью идентификации целевых последовательностей ДНК с последующим секвенированием.

Что такое транскриптом

Транскриптом - это полный набор мРНК, экспрессируемых в клетке. На его долю приходится менее 4% всей РНК клетки. Поскольку транскриптом определяет состав протеома, он определяет биохимическую способность этой конкретной клетки. Кроме того, транскриптом конкретной клетки не может быть синтезирован, и он всегда поступает в дочернюю клетку из родительской клетки во время деления клетки. Таким образом, транскрипция, которая представляет собой процесс производства РНК, является этапом поддержания транскриптома.

Рисунок 2: Транскриптом плюрипотентной клетки

С другой стороны, хотя каждая клетка содержит информацию для производства всего транскриптома вида, экспрессия генов в клетке также зависит от факторов окружающей среды. Двумя основными технологиями, используемыми при изучении транскриптомов, являются микроматрицы и RNA-seq.

Сходства между экзомом и транскриптомом

Определение

Экзом относится к части генома, состоящей из экзонов, которые кодируют информацию для синтеза белка, в то время как транскриптом относится к сумме всех молекул информационной РНК, экспрессируемых в генах организма. Таким образом, основное различие между экзомом и транскриптомом очевидно из этого определения.

Значение

Следовательно, экзом - это полный набор экзонов в генах, кодирующих белок, а транскриптом - это полный набор мРНК, экспрессируемых в клетке.

ДНК или РНК

Кроме того, экзом состоит из ДНК, а транскриптом - из РНК.

Количество

Экзом составляет 1-2% от общего генома, в то время как транскриптом составляет менее 4% от общей РНК клетки.

Уровень

Еще одно различие между экзомом и транскриптомом состоит в том, что экзом находится на геномном уровне, а транскриптом - на уровне транскрипции.

Методы

Кроме того, секвенирование всего экзома - это метод определения экзома, в то время как микроматрица и последовательность РНК определяют транскриптом.

Заключение

Экзом - это весь набор экзонов в геноме, определяемый WES генома. Следовательно, экзом - это концепция, основанная на ДНК. Но транскриптом - это концепция, основанная на РНК, поскольку это полный набор мРНК клетки. Основное различие между экзомом и транскриптомом заключается в их концепции.

Ссылка:

1. Warr, Amanda et al. «Секвенирование экзома: текущие и будущие перспективы». G3: Гены | Геномы | Генетика 5.8 (2015): 1543–1550. ЧВК. Интернет. 6 сентября 2018 г. Доступно здесь 2. Браун Т.А. Геномы. 2-е издание. Оксфорд: Wiley-Liss; 2002. Глава 3, Транскриптомы и протеомы. Доступна здесь

Изображение предоставлено:

1. «Интроны экзонов ДНК» Национальным исследовательским институтом генома человека - (общественное достояние) через Commons Wikimedia 2. «Транскриптом плюрипотентных клеток» М. Грскович и М. Рамальо-Сантос, М., Плюрипотентный транскриптом (10 октября, г. 2008), StemBook, изд. Сообщество исследования стволовых клеток, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Рис. 2 Транскриптом плюрипотентных клеток. Грскович, М., Рамальо-Сантос, М., Плюрипотентный транскриптом (10 октября 2008 г.), StemBook, ed. Сообщество исследования стволовых клеток, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) через Commons Wikimedia