В главное отличие между гель-электрофорезом и SDS PAGE заключается в том, что гель-электрофорез - это метод, используемый для разделения ДНК, РНК и белков, тогда как SDS PAGE - это тип гель-электрофореза, используемый в основном для разделения белков. Как правило, SDS PAGE дает лучшее разрешение, чем обычный гель-электрофорез.

Гель-электрофорез и SDS-PAGE - это методы в биотехнологии, которые помогают разделить макромолекулы в зависимости от заряда и размера. Обычно в гель-электрофорезе для разделения используются уколы из агарозного геля, в то время как в SDS PAGE используются уколы из полиакриламидного геля.

Ключевые области покрыты

1. Что такое гель-электрофорез - Определение, процедура, значение 2. Что такое СТРАНИЦА SDS - Определение, процедура, значение 3. Каковы сходства между гель-электрофорезом и SDS PAGE? - Обзор общих черт 4. В чем разница между гель-электрофорезом и SDS-PAGE - Сравнение основных различий

Ключевые термины: агароза, ДНК, гель-электрофорез, полиакриламид, белки, SDS PAGE.

Что такое гель-электрофорез

Гель-электрофорез - это метод разделения фрагментов макромолекул, таких как ДНК, РНК и белки, в зависимости от их размера и заряда. Во время гель-электрофореза макромолекулы перемещаются под действием электрического поля на гелевой матрице, которая содержит поры, через которые движутся макромолекулы. Гель-электрофорез - это общий метод анализа ДНК с помощью методов ПЦР, ПДРФ, клонирования, секвенирования ДНК или блоттинга. Наночастицы также можно разделить с помощью гель-электрофореза. Гелевый укол готовится из полисахарида, называемого агарозой, полученного из морских водорослей. Гели агарозы состоят из длинноцепочечных молекул агарозы, связанных между собой паутиной. В видео 1 рассказывается о приготовлении агарозного геля.

И ДНК, и РНК содержат фосфатные группы на каждом из их мономерных нуклеотидов. Следовательно, они обладают одинаковым отрицательным зарядом по всей молекуле. Более того, они перемещаются к положительному электроду под действием электрического поля. Скорость миграции зависит от размера нуклеиновой кислоты. Более короткие молекулы быстрее мигрируют через поры, в то время как для более крупных требуется некоторое время.

Рисунок 1: Полосы ДНК на агарозном геле

Что такое SDS PAGE

SDS PAGE (электрофорез в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия) - это аналитический метод, используемый для разделения заряженных молекул в зависимости от их размера. В этом процессе SDS используется для выделения белков путем их денатурации. Поскольку SDS - это моющее средство; она нарушает третичную структуру белков, превращая свернутый белок в линейную молекулу. Кроме того, он покрывает эту линейную молекулу белка однородным отрицательным зарядом. SDS PAGE состоит из двух гелей с разными концентрациями. Верхний слой называется укладывающимся гелем, в который загружаются образцы, а нижний слой - разделяющим гелем. Концентрация полиакриламида в укладывающем геле составляет 3,5-4% (большой размер пор), и он концентрирует белки в одной полосе. Концентрация полиакриламида в разделяющем геле составляет 4-20% (небольшой размер пор), и он разделяет белки в зависимости от их размера. На видео 2 показана подготовка SDS PAGE.

SDS PAGE обеспечивает быстрое разделение белков, облегчая последующий анализ, такой как вестерн-блоттинг.

Рисунок 2: Белковые полосы на SDS PAGE

Поскольку разрешающая способность SDS PAGE выше, чем у обычного агарозного геля, SDS PAGE помогает разделять небольшие фрагменты ДНК размером 5-500 п.н.

Сходства между гель-электрофорезом и SDS PAGE

Разница между гель-электрофорезом и SDS PAGE

Определение

Гель-электрофорез: Метод, используемый для разделения фрагментов макромолекул, таких как ДНК, РНК и белки, в зависимости от их размера и заряда.

СТРАНИЦА SDS: Аналитический метод, используемый для разделения заряженных молекул по размеру

Состав

Гель-электрофорез: Равный по всему гелю; состоит из агарозы

СТРАНИЦА SDS: Два геля с разной концентрацией; состоит из полиакриламида

Конфигурация запуска

Гель-электрофорез: Горизонтальный ход

СТРАНИЦА SDS: Вертикальный бег

Методология кастинга

Гель-электрофорез: Устанавливается при охлаждении

СТРАНИЦА SDS: Устанавливается химической реакцией

Размер пор

Гель-электрофорез: Размер пор неоднороден; чем выше концентрация агарозы, тем меньше размер пор

СТРАНИЦА SDS: Размер пор однороден; соотношение акриламида и бис-акриламида определяет размер пор

Концентрация

Гель-электрофорез: 0.5-2%

СТРАНИЦА SDS: 6-15%

Разделение

Гель-электрофорез: 50-20 000 п.н. нуклеиновых кислот

СТРАНИЦА SDS: 5-250 000 Да белки

Условия

Гель-электрофорез: Обычно запускается в исходных условиях

СТРАНИЦА SDS: Условия денатурирования

Подготовка

Гель-электрофорез: Простой

СТРАНИЦА SDS: Сложный процесс

Окрашивание

Гель-электрофорез: С бромидом этидия

СТРАНИЦА SDS: Окрашивание кумасси или серебрение

Заключение

Гель-электрофорез - это аналитический метод, позволяющий разделять макромолекулы, такие как ДНК, РНК и белки, в зависимости от их размера. SDS PAGE - это тип гель-электрофореза, который в основном используется для разделения белков в денатурирующих условиях. SDS PAGE имеет более высокую разрешающую способность по сравнению с обычным гель-электрофорезом. Основное различие между гель-электрофорезом и SDS PAGE заключается в типе разделенных макромолекул и их процедуре.

Ссылка:

1. «Гель-электрофорез». Khan Academy, доступная здесь 2. «Электрофорез в полиакриламидном геле в SDS (SDS-PAGE)». Институт Диамантина, 26 апреля 2017 г., доступно здесь

Изображение предоставлено:

1. «Гель-электрофорез 2» Фон Мнольф - Фотография сделана в Инсбруке, Австрия (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia 2. «Coomassie3» Автор Yikrazuul - собственная работа (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia